ইপিএফও-র সেন্ট্রাল বোর্ড অফ ট্রাস্টি এবং নিয়োগকারী সংস্থাগুলি ওয়েবসাইটে একাধিক সমস্যার উল্লেখ করেছে। কিন্তু তা সত্ত্বেও সাইটে এই বাগগুলি রয়ে গিয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, অ্যাপ্লাই এবং অনুমোদনের স্টেজে বেশ কিছু প্রযুক্তিগত ত্রুটি রয়েছে। এছাড়াও, বেশ কিছু সমস্যা রয়েছে।